Los Órganos de Gobierno de la Cámara son: el Pleno, el Comité Ejecutivo y el Presidente. Los mecanismos operativos de funcionamiento son: las sesiones plenarias, las comisiones consultivas (grupos permanentes de asesoramiento a los órganos de Gobierno, especializados por sectores o áreas concretas y sin potestad decisoria) y los grupos de trabajo (ocasionales y limitados en el tiempo, centrados en el análisis de cuestiones concretas).

El Pleno es el órgano supremo de gobierno y representación de la Cámara. Está compuesto por empresas de la demarcación y por personas de reconocido prestigio en la vida económica de la circunscripción de la Cámara, elegidos democráticamente cada cuatro años.

El Comité Ejecutivo es el órgano permanente de gestión, administración y propuesta de la Cámara.

El Presidente ostenta la representación de la Cámara, preside todos sus órganos colegiados y es el responsable de la ejecución de sus acuerdos.

La Cámara representa los intereses del conjunto de las empresas de Bizkaia, al integrar a los representantes (elegidos democráticamente por las empresas en función de su peso económico) de los diversos sectores económicos del Territorio Foral.